労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置 に関するガイドライン（平成29年１月20日策定）に示されるように、労働時間の管理は会社の義務とされております。本来は、終業時刻後に、業務も行わず無断で居残りをしているような状況が発生しないように、会社（上長）が、速やかに退社するように指導しなければいけません。

仮に無用の居残りが確認された場合は、当該居残り時間が労働時間であったと後日主張されないように、会社としてはこの事実を記録しておく必要があります。このようにして初めて、「単なる居残りであり労働時間に算入しない」と主張できることになります。たいへん理不尽なように思われますが、実態としては会社側がこの点の立証責任を負っている状況になっているのが実情です。

現実には、会社と従業員の間には一定の信頼関係がありますので、このように逐一監視して行動確認することはあり得ないと思われまして、残業管理についても信頼関係の中で、従業員に裁量が与えられているケースが多いと思います。ただしそれに甘え、会社として管理を放棄した場合には、「単なる居残り時間なのか、労働時間なのか、会社が分らない」という状況が発生します。

また、単なる居残り時間ではなく業務に関連した作業が行われていた場合には、これは黙示の業務指示（いわゆる残業の黙認）があったとして、労働時間として推定される可能性が高くなります。従業員の自主的な勉強会とか懇親目的で居残りしている状況もあろうかと思いますが、時間外の社内施設使用許可申請などを提出させて、労働時間ではない活動である旨を明確に確認しておくべきと考えます。