残業代を支払っていない場合、一番してはいけないことは「賃金台帳や出勤記録を改ざんし、残業代を支払っているようにする（もしくは残業が発生していないようにする）」という行為です。これは悪質な書類改ざんとなり、改ざんが発覚すると、労基署は極めて厳しい指導を行う可能性もありえます。また、労基署は調査のプロなので、そのような改ざんはすぐに見抜きますし、労働者から情報が入っているような申告調査の場であればなおのことです。

よって、この場合は正直に「払っていない」ということをお伝えすることが一番です。素直に非を認め、改善につなげていくことが一番の解決法でありますし、労基署からの印象も変わることもあります。

ただし、過去にさかのぼって残業代の支払いをするように指導が入りますので、労基署の調査後はその対応が必要です。