労働者の労働時間の記録については、平成29年1月に厚生労働省よりガイドラインが出されています。

【労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置 に関するガイドライン（平成29年１月20日策定）　関連部分のみ抜粋】
◆労働基準法においては、労働時間、休日、深夜業等について規定を設けていることから、使用者は、労働時間を適正に把握するなど労働時間を適切に管理する責務を有している。
◆使用者は、労働時間を適正に把握するため、労働者の労働日ごとの始業・終業時刻を確認し、これを記録すること。
◆使用者が始業・終業時刻を確認し、記録する方法としては、「使用者が、自ら現認すること」「タイムカード、ICカード、パソコンの使用時間の記録等の客観的な記録」のいずれかとすること。
◆自己申告制は、労働者による適正な申告を前提として成り立つものである。このため、使用者は、労働者が自己申告できる時間外労働の時間数に上限を設け、上限を超える申告を認めない等、労働者による労働時間の適正な申告を阻害する措置を講じてはならないこと。

そして、労基署の調査ではこのガイドラインに基づいて企業の労働時間の管理状況が適正なものかを確認します。労働時間の管理が労働者の自己申告制（労働者が自ら労働時間を記録する方法）の場合は、ガイドラインの「適正な申告を前提として」の記載を根拠に、適正な申告ができている証拠となるものが必要となります。（例えばPCのログ時刻や入退館の記録と労働時間との突合をすることにより、労働者が自己申告している労働時間と実態の労働時間との乖離がないかなどの確認をされる場合があります。）

よって、労働時間の管理が労働者の自己申告制の場合は、労基署はその記録された時刻が正しいものであるかどうかを厳しく確認する場合が多いことから、タイムカードや勤怠システムなど、機械的に労働時間を記録するツールを導入する必要があると考えます。

タイムカードは比較的廉価で導入できるものであるため、費用をかけない場合はタイムカードの導入をお勧めします。また、ある程度の費用をかけることができるのであれば、給与計算事務なども効率的にできる側面もあることから勤怠システムを導入することをお勧めします。いずれにせよ自社にあった勤怠管理のツールを導入することが大事であると考えます。

ただし、タイムカード、勤怠システムともに導入をしても、それが適正な労働時間の管理として機能しているかどうかは運用ルール次第です。この運用ルールがあやふやであると、せっかく導入した勤怠ツールが全く意味をなさなくなります。その場合労基署の調査時においては、自己申告制と同じく、適正な申告ができているという証拠が必要となることもあります。よって客観的に労働時間の記録ができるツールの導入と適正な記録ができる運用ルールを定めて実行することが必要となります。